什么是kegg富集分析？gsea分析和go的区别？-微百科

首页生活百科正文

什么是kegg富集分析？gsea分析和go的区别？

2024-06-03 12:26 63

富集分析，是指借助各类数据库和分析工具进行统计分析，挖掘在数据库中与我们要研究的生物学问题具有显著相关性的基因功能类别。

转录组测序得数据怎么判断kegg富集显著性提取样品总RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。

加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加A并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，建好的测序文库用Illumina HiSeq? 2000进行测序。

因此GSEA可以看作是GO和KEGG的补充和进阶，它检测的是基因集而不是单个基因的表达变化，得到更为理想的结果。

GSEA与传统GO、KEGG分析的区别：

（1）输入文件：GSEA是表达矩阵，传统的富集分析是基因名列表；

（2）排序：GSEA分析前需要根据表达量对基因进行排序，传统的GO、KEGG富集分析不需要；

（3）差异分析：GSEA不需要进行差异分析；

（4）目的：传统的富集分析主要关注的差异显著基因的功能，GSEA关注的是某个生物状态下功能基因集的变化。

标签：

原文链接：https://www.weixinjn.com/jiaoy/7704.html

=========================================

https://www.weixinjn.com/ 为 “微百科” 唯一官方服务平台，请勿相信其他任何渠道。